Mario no está entusiasmado con Halloween, porque generalmente en este momento todos los espíritus malignos se activan en las extensiones del Reino Champiñón y Bowser libera a todos sus secuaces para hacer un desastre. En Super Mario Flash Halloween Version ayudarás a Mario a encontrar a todos los villanos y acabar con ellos saltando desde arriba. Todos los amigos del héroe e incluso el hermano de Luigi se esconden en casa y no sacan la nariz, solo que el valiente plomero no le tiene miedo a nadie. Y hay una razón para esto: eres tú, el jugador ágil, quien controlará al héroe y no dejará que cometa un error en Super Mario Flash Halloween Version.
